嘉興市公共交通有限公司内設職能部門：

辦公室:  1.負責公司行政、董事會辦公室日常工作。 2.負責文秘、檔案、保密、宣傳、後勤保障、輿情監管處理、法律事務管理等工作。 3.負責公司資産資源的開發管理工作。 4.負責公司招投标、合同管理及履行監督等工作。

黨群人事部： 1.負責公司黨總支辦公室日常工作。 2.負責公司黨建和群團工作。 3.負責文明創建工作。 4.負責人力資源和薪酬管理工作。 5.負責信訪（廉政）等工作。下設紀檢監察辦公室，負責公司黨風廉政以及紀檢監察相關工作。 6.負責公司監事會工作。

營運站場部： 1.負責公司營運生産計劃編制、組織實施、過程控制以及管理指導等工作。 2.負責公司年度營運線網的規劃、優化和上報等工作。 3.負責城市治堵、品質城市和道路施工過程中的協調和線路調整工作。 4.負責公司停保場、樞紐站、首末站、候車亭等基礎設施項目建設、管理和維護工作。 5.負責對營運分公司營運條線經營管理目标績效考核。

安全機務部： 1.貫徹落實國家安全生産法律法規、方針、政策及上級部門安全工作要求。 2.負責組織制定本單位安全生産規章制度和各類應急預案。 3.組織落實本單位員工的安全教育、培訓工作，定期開展各類應急演練。 4.督促落實公司安全生産、消防、安保防恐、信訪（維穩）、“三防”、應急管理等工作。 5.負責落實公司車輛、燃料、配件、車間設備等采購及委托修理實施全過程的綜合管理。 6.負責落實維修設備、維修質量、維修技術等監管工作。 7.負責分公司安全、機務、維修績效考核、監管等工作。

财務管理部： 1.負責公司日常财務管理、會計核算及審計工作。 2.負責成本規制運用監管工作。 3.負責公司各類數據的統計、彙總、上報工作。 4.負責政府購買公交服務及各類補貼的對接、落實等牽頭工作。 5.負責IC卡的清算及售卡中心的管理工作。 6.負責票務管理工作。 7.負責IC卡售卡及相關業務辦理工作。下設票務中心、IC卡辦理中心。

科技信息部： 1.負責公司信息化（車載電子設備、信息化軟硬件等）開發、建設、管理和維護工作。 2.負責智能調度管理工作。 3.負責公司營運數據、以及省、市治堵相關數據對接工作。 4.負責公司電子産品的日常維修和對接工作。 5.負責政務、服務熱線、信訪（投訴）的受理回複工作。 6.負責管理和監督各營運分公司對駕駛員星級規範服務的教育和考核等工作。下設智調監控中心、稽查大隊。

嘉興市公共交通有限公司下設分公司：

南湖分公司、秀洲分公司、經開南分公司、經開北分公司、車輛維修分公司、九水巴士有限公司